在厭氧段，兼性細(xì)菌通過發(fā)酵作用，將污水中溶解性BOD轉(zhuǎn)化為低分子發(fā)酵產(chǎn)物-揮發(fā)性脂肪酸（Volatile Fatty Acid，VFA）。在沒有溶解氧或氧化態(tài)氨（NO2）的厭氧條件下，聚磷細(xì)菌能在分解細(xì)胞內(nèi)聚磷酸鹽的同時(shí)產(chǎn)生ATP，并利用ATP將污水中的低分子發(fā)酵產(chǎn)物等有機(jī)物攝入細(xì)胞，以聚β-羥基丁酸鹽（PHB）、聚β-羥基戊酸鹽（PHV）及糖原等有機(jī)顆粒的形式貯存于細(xì)胞內(nèi)，所需的能量來源于聚磷酸鹽的水解及細(xì)胞內(nèi)糖的酵解，同時(shí)還將分解聚磷酸鹽所產(chǎn)生的磷酸排出胞外，這時(shí)細(xì)胞內(nèi)還會誘導(dǎo)產(chǎn)生相當(dāng)量的聚磷酸鹽激酶。

上述機(jī)理表明生物除磷系統(tǒng)的除磷率與厭氧階段細(xì)菌正常發(fā)酵作用所產(chǎn)生的底物量以及隨后的聚磷菌對發(fā)酵產(chǎn)物的同化和貯存量直接正相關(guān)。

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